昭莫多一战，噶尔丹的势力遭到极大削弱，原来归附于他的许多部众纷纷逃脱，噶尔丹穷困至极。为了解决粮食问题，噶尔丹于七月令部下率人抢劫了喀尔喀蒙古郡王善巴的牧场，遭遇费扬古军队袭击，再次大败而归。九月，噶尔丹再次派人抢劫清军米仓，与祖良璧部相遇，经过一番激战，噶尔丹军队惨败，从此，噶尔丹再也不敢同清军发生正面交锋。
虽然噶尔丹处境窘迫，但康熙皇帝明白只要噶尔丹尚有一丝残喘，就一定会处心积虑，卷土重来。事实也确实如此，噶尔丹落荒而逃之后，便开始投靠达赖喇嘛，加强同青海的台吉和西藏的第巴之间的联系，新疆和青海地区也有他的一部分属民。如果不彻底将其根除，边疆地区依然存在隐患。
根据昭莫多战役之后的形式，康熙皇帝调整了清军在当地的部署，在噶尔丹无力侵犯的东部，只作一般性防御措施，仅留下萨布素部属的一千黑龙江兵驻守科图，然后令大将军费扬古率领五百萨布素兵和一部分蒙古兵前往善巴王汛地侦查噶尔丹的行迹。康熙皇帝最为重视的是西北方面，虽然在《尼布楚条约》签订后，噶尔丹北得不到沙俄的支持；东南面有清军压境；西面有策妄阿拉布坦欲擒他，向清廷邀功；南又面临着饱受他奴役的回族部落的堵截，可以说已经四面交困，但康熙皇帝依然担心青海蒙古诸部和哈密回族部落首领额贝杜拉达尔汉白克对噶尔丹的支持。青海蒙古诸部向来依附于西藏达赖喇嘛的势力，青海又是噶尔丹通往西藏的必经之路。
噶尔丹在战败后一直谋求第巴桑结嘉措的支援，因此清军必须切断噶尔丹在青海的运输线。因此在昭莫多战役后康熙皇帝派重兵把守噶尔丹奔逃青海、西藏的额尔古纳河、布隆吉尔的必经之地，并命人告诫青海众台吉：如遇噶尔丹来逃而不将其擒获，或抓而不送，清政府必定出兵征讨。但是青海众台吉声称遵照达赖喇嘛之言，这就意味着他们不会擒拿噶尔丹。
哈密额贝杜拉达尔汉白克曾经多次向噶尔丹提供援助，在噶尔丹昭莫多大败后，他慑于朝廷的声威，遣使进京纳贡归降，并表示愿意协助清廷捉拿噶尔丹。但是康熙皇帝明白其心不善，为彻底围困噶尔丹，防止其东山再起，他决定二次亲征朔漠。康熙三十五年（公元年）九月四日，康熙皇帝以“往宣化地方行围”的名义，仅带侍卫、新满洲三旗护军、三旗亲随护军、八旗前锋军和火器护军等两千人前往。
直到十五日出发前，康熙皇帝才向大学士伊桑阿透露这是一次不同寻常的“出兵”。十九日，康熙皇帝正式起程，开始第二次亲征。征途中，康熙皇帝时刻不忘招抚事宜。二十二日，大军行至怀来县城西，康熙皇帝命人将招抚噶尔丹的敕书送往大将军费扬古处，“令其颁示”。二十四日至下花园，康熙皇帝谕议政王大臣：“噶尔丹似此困极，虽不进讨，亦必灭亡，今但以招抚为要，故朕谕大将军，频遣噶尔丹降人往招之。
噶尔丹今虽不降，其部落既散之后，自来归顺矣。”为了更好地贯彻招抚政策，康熙皇帝下令将招降的一千五百多人编入上三旗，对其中的头人分别授职，将不愿来内地者送往费扬古军前；赐俘虏以银钱，放其归乡团聚。与此同时，康熙皇帝还注重与喇嘛的团结。十月十三日，行至归化城时，康熙皇帝将甲胄、腰刀等随身物品留在崇福寺内作为纪念，还将念珠、经典等赐予席力图，以图招抚喇嘛席力图。
招抚重点在于分化瓦解噶尔丹上层人物。十月二十一日，在昭莫多战役中被俘的厄鲁特曼济被遣送回噶尔丹处同妻子团聚，并带去了给噶尔丹、丹济拉的敕文，文中写道：“朕不忍尔属下厄鲁特妻子相失，穷困冻饿而死，特遣谕招抚。今重复降敕，尔等若悔前愆，俯首向化，朕一体加恩抚恤，俾各得所，尔部下厄鲁特亦得妻子完聚，咸获生全。”此外，康熙皇帝又派人持谕前往招抚噶尔丹部下丹津阿布拉坦和丹津额木布等人，着力离间他们同噶尔丹的关系，指出如果他们愿意率部落来降，朝廷将优渥以待，令其部众各得生业。
十月二十三日离开归化城时，康熙皇帝留下一位大臣继续受降厄鲁特人，将归化城作为一招抚据点。除了遣使招抚，康熙皇帝还注重调动兵马，对噶尔丹围困阻击。当得知噶尔丹窜犯哈密，他立即令孙思克等人率兵赴肃州阿南达探听消息，即行剿灭噶尔丹。经过一番妥善部署，阿南达争取了噶尔丹内弟噶尔亶多而济的归降，令其同哈密回部达尔罕白克配合，在都尔白尔济和滩纳秦等地驻防探哨，同时调集两千精兵在额济纳、昆都仑等处加强防守。
此外，土尔扈特部、准格尔部策妄阿拉布坦、和硕特部额尔科巴图尔也分别率兵四面设哨，组成西北联合防线，遏制噶尔丹西逃。西北各部的联合令噶尔丹身处孤立无援之境。面临清政府经济和军事上的双重封锁，噶尔丹走投无路，只好派人前来请降，以为缓兵之计。十一月十七日，康熙皇帝于哲固斯台接到大将军费扬古的上奏，称噶尔丹派出以格雷古英为首的二十人使团前来议降。
二十五日，康熙皇帝在东斯亥召见格雷古英，命其转告噶尔丹，限他七十日内亲自来降，否则清军还将前往讨伐他，表示“粮虽尽，朕必噬雪穷追，断不回师”。为了给噶尔丹施加压力，在接见中，康熙皇帝没有流露出即将班师回朝的迹象，而此时的噶尔丹已经在清军和西北各部族的联合军队合围之下，困于一隅，基本上没有死灰复燃的可能。康熙皇帝此次亲征的目的已经达到，鉴于清军此时粮草所剩无几，康熙皇帝决定回京，于十二月二十日胜利返回。